Điểm sáng lớn nhất trong bản vá này chính là việc Nightdive Studios đã viết lại hoàn toàn trình điều khiển mạng (network driver). Nếu bạn từng bực bội vì bị ngắt kết nối giữa chừng khi đang cùng bạn bè khám phá con tàu Von Braun, thì đây là tin vui: các lỗi mất kết nối đã được giảm thiểu đáng kể. Việc tối ưu hóa này không chỉ giúp trải nghiệm mượt mà hơn mà còn sửa hàng loạt lỗi crash liên quan đến việc tải file lưu hoặc xem video trong chế độ multiplayer.
Đối với những game thủ yêu thích sự linh hoạt, bản cập nhật đã bổ sung hỗ trợ điều khiển bằng con quay hồi chuyển (Gyroscope) dành riêng cho Steam Deck. Đi kèm với đó là hàng loạt cải tiến về chất lượng trải nghiệm (QoL) trên tay cầm, như cho phép hoán đổi nút trong menu/hành trang và bổ sung nút lưu nhanh (quicksave) tiện lợi.
Về mặt hình ảnh và tính tương tác, bản vá 1.3 đã khôi phục lại cơ chế "toggled textures" từ phiên bản gốc năm 1999. Giờ đây, các màn hình và bảng điều khiển trong game có thể bị phá hủy hoàn toàn, mang lại cảm giác chân thực và phản hồi tốt hơn khi người chơi tác động vào môi trường. Đây là một chi tiết nhỏ nhưng lại cực kỳ quan trọng đối với những fan trung thành muốn tìm lại cảm giác của bản game huyền thoại.
Cộng đồng modding cũng nhận được sự hỗ trợ đắc lực trong đợt này. Game hiện đã hỗ trợ đọc các file mod trực tiếp từ định dạng ZIP hoặc thư mục rời trên PC, giúp việc cài đặt các bản chỉnh sửa từ cộng đồng trở nên đơn giản hơn bao giờ hết. Ngoài ra, bản vá còn bổ sung ngôn ngữ Bồ Đào Nha (Brazil) và sửa lỗi độ phân giải khi chơi ở chế độ toàn màn hình, đảm bảo System Shock 2: 25th Anniversary Remaster vận hành ổn định trên mọi cấu hình hiện đại.
