The X-Com Files เป็นส่วนเสริมขนาดใหญ่ (megamod) ที่ปรับปรุงเกม X-Com ต้นฉบับ โดยให้ผู้เล่นสวมบทบาทผู้นำองค์กรที่ต้องต่อสู้กับองค์กรลับสไตล์ยุค 90s รูปแบบการเล่นหลักคือการบริหารจัดการทีม X-Com จากจุดเริ่มต้นเล็กๆ ให้กลายเป็นกองกำลังระดับโลก ซึ่งมีการเพิ่มภารกิจใหม่ๆ ศัตรูที่หลากหลาย และอุปกรณ์ที่ขยายขอบเขตการเล่นเดิมให้ลึกซึ้งยิ่งขึ้น
ส่วนเสริมนี้จะเพิ่มความลึกให้กับเกมหลักอย่างมาก โดยการนำเสนอภารกิจใหม่ๆ ศัตรูที่มีความหลากหลายมากขึ้น และระบบอุปกรณ์ที่ขยายขอบเขตออกไป ผู้เล่นจะต้องบริหารจัดการองค์กรตั้งแต่เริ่มต้นที่มีทีมงานขนาดเล็ก ไปจนถึงการเป็นกองกำลังระดับโลก พร้อมทั้งต้องเผชิญหน้ากับโครงเรื่องใหม่ๆ ที่ถูกเพิ่มเข้ามา
แกนหลักของการเล่นยังคงเป็นการบริหารจัดการฐานทัพ การวิจัยเทคโนโลยี และการส่งหน่วยรบออกไปปฏิบัติการภาคสนาม อย่างไรก็ตาม ด้วยเนื้อหาที่เพิ่มเข้ามา ทำให้การตัดสินใจเชิงกลยุทธ์มีความซับซ้อนยิ่งขึ้น
การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญที่สุดคือการเพิ่มมิติใหม่ให้กับเกมเพลย์เดิม ซึ่งรวมถึง ภารกิจประเภทใหม่ ที่ท้าทายกลยุทธ์เดิมๆ ศัตรูที่หลากหลายขึ้นซึ่งต้องการการปรับตัวในการต่อสู้ และระบบอุปกรณ์ที่ขยายตัว ทำให้การจัดเตรียมยูนิตมีความละเอียดอ่อนมากขึ้น
ผู้เล่นจะได้สัมผัสกับการเดินทางขององค์กรที่ต้องปรับตัวเพื่อรับมือกับภัยคุกคามที่ซับซ้อนขึ้นเรื่อยๆ ซึ่งเรื่องราวจะถูกนำเสนอผ่านเหตุการณ์และภารกิจใหม่ๆ ที่เชื่อมโยงกัน
ความหลากหลายของศัตรูที่เพิ่มเข้ามาบังคับให้ผู้เล่นต้องพิจารณาการเลือกใช้ยูนิตและยุทธวิธีอย่างรอบคอบในแต่ละการปะทะ ซึ่งแตกต่างจากการเผชิญหน้ากับศัตรูชุดเดิมๆ ในเกมพื้นฐาน