Refined Storage, een modificatie die sinds 2016 beschikbaar is, stelt spelers in staat een centraal, netwerkgebaseerd opslagsysteem te bouwen. De kernactiviteit bestaat uit het fabriceren van componenten zoals controllers en opslagschijven om items en vloeistoffen efficiënt te beheren. Spelers kunnen zoeken naar opgeslagen voorraden, prioriteiten instellen en de capaciteit van hun netwerk uitbreiden voor geautomatiseerd itembeheer.