A Pokémon Hero egy eredeti történetet kínáló, részletes térképpel rendelkező kaland, ahol a játékos döntései határozzák meg, hősként vagy gonosztevőként tekintenek rá. A játékmenet magában foglalja az összes generáció Pokémonjait, három nehézségi szintet, adaptív ellenfeleket és szkriptelt harcokat. Főbb mechanikái közé tartozik az "Ultraflight" mozgás, rejtett zónák felfedezése, küldetések teljesítése, valamint egy továbbfejlesztett harci felület és a játékost követő Pokémonok.
Ez a játék egy PC-s modifikáció, amely a Pokémon Black Version alapjaira építkezik, egy teljesen eredeti történetet kínálva, egyedi karakterekkel. A játékmenet középpontjában a játékos döntései állnak, amelyek meghatározzák, hogy a világ hősként vagy gonosztevőként fogja-e őt számon tartani. A modifikáció minden eddigi generáció Pokémonjait felvonultatja, és három nehézségi szintet biztosít, adaptív mesterséges intelligenciával a harcok során.
A játékmenet a klasszikus Pokémon élményt ötvözi újításokkal. A harcrendszer skriptelt összecsapásokat tartalmaz, amelyek eltérhetnek a megszokott véletlenszerű találkozásoktól. A felfedezés hangsúlyos eleme a részletesen kidolgozott térkép, ahol az Ultraflight mechanika segítségével a játékosok gyorsan utazhatnak és rejtett területeket fedezhetnek fel.
A játékosok küldetéseket és kihívásokat teljesíthetnek, valamint számos beépített eredményt (achievement) érhetnek el. A felhasználói felület a harcok során továbbfejlesztésre került, és a Pokémonok követik a játékost a pályán, ami vizuális visszajelzést ad a csapat összetételéről. Emellett útvonal-specifikus információk is elérhetők a találkozó Pokémonokról.
A legszembetűnőbb különbség az eredeti történet és a morális választások rendszere, amely valódi következményekkel jár. A mod nem csak a Pokémonok széles választékát kínálja, hanem a nehézségi szintek bevezetése is növeli az újrajátszhatóságot, mivel az ellenfelek viselkedése ehhez igazodik.
A játékmenet része a rejtvények megoldása és speciális kihívások teljesítése, amelyek tesztelik a játékos stratégiáját és tudását a Pokémon univerzumról. Ezek a feladatok gyakran elzárják az utat a további haladás előtt, amíg a játékos meg nem oldja őket.
A harci felület modernizálva lett a jobb átláthatóság érdekében. A navigációt segíti az Ultraflight képesség, amely lehetővé teszi a gyors utazást a felfedezett területeken, valamint a Pokémonok vizuális követése, ami segíti a csapat menedzselését a terepen.