Deeper and Darker je modifikacija koja uvodi novu dimenziju, Otherside, s jedinstvenim biomima poput "deeplandsa". U igri istražujete nove strukture, koristite preko stotinu novih blokova i predmeta, uključujući oklop za stražare (warden armor), te se suočavate s osam novih neprijatelja, uključujući mini-bosa. Pristup Othersideu zahtijeva poraz stražara. Ovaj sadržaj proširuje elemente preživljavanja i istraživanja igre.