MinecraftEdu, julkaistu vuonna 2011, on muokattu versio Minecraftista, joka on suunnattu koulutuskäyttöön. Pelaajat tutkivat ja muokkaavat lohkopohjaista maailmaa yhteistyössä, opettajien hallitessa asetuksia oppimiskokemuksen räätälöimiseksi eri oppiaineisiin. Ydinmekaniikka keskittyy rakentamiseen, ongelmanratkaisuun ja interaktiivisiin simulaatioihin kontrolloidussa virtuaaliympäristössä.
Soren