MinecraftEdu, vydaný v roce 2011, je edukační modifikace zaměřená na výuku. Hráči prozkoumávají a přetvářejí svět složený z kostek, přičemž učitelé mohou upravovat nastavení pro podporu učení v různých předmětech. Základem je spolupráce při stavění, řešení problémů a interaktivní simulace ve virtuálním prostředí.