MinecraftEdu, пусната през 2011 г., е версия на играта, фокусирана върху образователни цели. Основният геймплей се върти около изследване и преоформяне на свят, изграден от блокове, като учители могат да настройват средата за различни учебни предмети. Играчите участват в съвместно строителство, решаване на проблеми и интерактивни симулации в контролирано виртуално пространство. Подходяща е за колаборативни проекти и ролеви игри в класната стая.