Stellaris on tunnettu siitä, että pelin edetessä erilaiset ilmoitukset, tutkimusprojektit ja kriisit täyttävät lokikirjan tavalla, joka tekee tärkeän tiedon löytämisestä haastavaa. Pegasus-päivitys ratkaisee tämän tuomalla lokiin hierarkkisen ryhmittelyn ja kategorisoinnin. Jatkossa pelaajat voivat erotella esimerkiksi opastusosiot, kriisit ja ensikontaktit omiin välilehtiinsä.
Yksi merkittävimmistä lisäyksistä on uusi Priority-kategoria. Pelaajat voivat nyt itse kiinnittää eli "pinnata" tärkeimmät merkinnät erilliseen listaan, jolloin ne pysyvät aina näkyvillä ja helposti saatavilla. Lisäksi uusi Findings-välilehti siivoaa pois perinteisesti lokia tukkineet kaivaukset, anomaliat ja ensikontaktit, jättäen tilaa todella kriittisille tapahtumille.
Myös megarakenteet saavat ansaitsemaansa huomiota. Megastructures-käyttöliittymä on yhtenäistetty ja siivottu, mikä tekee valtavien rakennusprojektien seuraamisesta selkeämpää. Erityisen tervetullut tekninen parannus on uusi suositusjärjestelmä: kun pelaaja on rakentamassa uutta rakennelmaa, peli ehdottaa kymmentä parasta aurinkokuntaa kyseiselle rakenteelle. Tämä säästää huomattavasti aikaa manuaaliselta selailulta.
Ennen suurta Pegasus-päivitystä pelaajille on luvassa 4.3.5 Cetus -pikakorjaus. Tämä päivitys keskittyy pelattavuuden hiomiseen ja sisältää lukuisia korjauksia traditioihin, työpaikkoihin ja imperiumien mekaniikkoihin. Kehittäjät tähtäävät korjauspäivityksen julkaisuun huhtikuun loppupuolella, ja se valmistelee pohjaa tuleville suuremmille UI-muutoksille.
